Testing aux cliniques Saint-Luc

Plongée dans l'antre de la machine Covid

Aux cliniques Saint-Luc, 450 tests PCR sont analysés chaque jour. De l’antenne de dépistage, à la tour des laboratoires, en passant par les Urgences, l’organisation est militaire et le rythme infernal. Depuis le début de la pandémie, des hommes et des femmes tiennent fermement la barre d’un navire qui aurait pu couler maintes fois. Aujourd’hui, alors que la deuxième vague de contaminations au Covid s’abat sur l’Europe et que l’automne s'est installé, l’hôpital se prépare à faire face à une situation qui pourrait s’avérer bien plus dramatique que prévu.

Cliniques universitaires Saint-Luc, 9h30. Le sol fraîchement flanqué de ronds blancs indique le chemin à la foule de patients et de visiteurs pénétrant l’immense bâtiment grisâtre. Des brancardiers s’affairent auprès des malades. Le bruit incessant des portes automatiques atteste du rythme soutenu. En face de l'entrée des urgences, une dizaine de personnes attendent de pénétrer dans des containers blanc et jaune criard.

“C’est l’antenne Covid”, explique Anne-Sophie Marsin, directrice du département Stratégie et développement des cliniques. “Nous l’avons ouverte début mars, à la demande du gouvernement. C’est en face des urgences parce que ça permet d’y transférer directement les patients qui ne se sentent pas bien”.

L’antenne de testing fonctionne par rendez-vous. Sont autorisées à se présenter les personnes symptomatiques et asymptomatiques détentrices d’une ordonnance du médecin ou d’un QR code, c’est-à-dire toute personne qui a une suspicion de par son voyage en zone rouge ou un contact avec une personne positive. Seules sont refusées les personnes en situation de pré-voyage qui nécessitent un test négatif pour pouvoir partir. 

À l’entrée, tout le monde porte un masque et les distances de sécurité semblent plutôt bien respectées. Quant à l’inquiétude que les gens se contaminent dans les files d’attente, Madame Marsin la balaye d’un revers de la main. “Il y a deux grandes salles d’attente, les gens ne se croisent pas”. Selon elle, aucun intérêt à séparer les symptomatiques des asymptomatiques, et les retours de voyage des personnes “contact à haut risque”.

“Les symptomatiques, on n’en a pas beaucoup finalement. On a plutôt des asymptomatiques positifs, notamment ceux qui reviennent de zone rouge sans symptômes et qui sont persuadés de n’avoir croisé personne. Si on fait un tri aussi strict, on n’arrivera quand même pas à éviter que ça se croise, puisque les personnes asymptomatiques sont plus souvent contagieuses que les personnes qui se présentent avec un mal de gorge”. La directrice assure que le mieux serait de partir du principe que tout le monde est porteur, tout en mettant en place les mesures d’hygiène les plus strictes possible.

Avant de se présenter, il faut consulter un site web mis à disposition pour savoir si l’on entre dans les cas de figure autorisant à se faire tester aux cliniques Saint-Luc. Des plages horaires entre 8h et 16h sont ensuite proposées, et les rendez-vous sont souvent obtenus au plus tard pour le lendemain. De quoi limiter l’attente et faciliter la situation.

La directrice s’étonne d’ailleurs de la petite file à l’entrée : “On voyait ça plutôt au début. L’antenne fonctionnait alors sans rendez-vous. Avant 8h, il n’y avait pas de soucis, mais à partir de 9h30, il y avait une affluence telle que l’on observait des files d'une à deux heures. Il a ainsi fallu monter des tentes faisant office de salles d’attente et les gens n’étaient pas du tout satisfaits. Puis en fin de journée, nous étions obligés de fermer parce que nous n’avions plus la capacité de tester. Les personnes en fin de file devaient alors revenir le lendemain et refaire la file. Tout le monde était très mécontent, nous ne nous en sortions plus, et nous sommes donc passés à un système exclusivement par rendez-vous”. 

Les quelque 250 tests par jour effectués à l’antenne Covid s’ajoutent aux autres 200 tests que reçoivent les laboratoires Saint-Luc d'endroits différents, dont des laboratoires submergés face à l’affluence continue d’échantillons à tester. La directrice explique que selon le stock de réactifs et les ressources humaines dont disposent les cliniques, ces chiffres pourraient être doublés. C’est-à-dire qu’il serait possible de tester jusqu’à 800 échantillons par jour. “Mais au-delà, ce sera très compliqué” confie Anne-Sophie Marsin.

 

“Ce qu’il nous manque, c’est le personnel, comme les préleveurs. Au début de la crise, entre 50 et 60% des activités de la clinique étaient mis à l’arrêt parce que tout le monde était confiné. Huit unités de soin avaient été mobilisées pour traiter les personnes souffrant du Covid. Nos infirmiers ont donc servi à faire le prélèvement. Maintenant, nos urgences sont à 90% de leur capacité de croisière et notre hôpital est plein. Une seule unité des huit précédentes est encore allouée aux patients hospitalisés à cause du virus. Les infirmiers sont donc de retour dans leurs services respectifs. On travaille désormais avec des intérimaires, des stagiaires et des étudiants en médecine, mais on ne peut pas trop en prendre puisqu’on doit les former à chaque fois qu’ils arrivent, c’est-à-dire tous les un à deux mois”.

Un manque d’effectif qui grippe véritablement la capacité de testing de l’hôpital. Le matériel disponible à Saint-Luc pourrait en théorie permettre de dépister le triple des patients actuellement reçus à l’antenne Covid, si tant est qu’il y ait assez de personnes pour faire les frottis, puis pour faire l’encodage électronique, la manipulation des échantillons, le placement dans les machines… “Nous prenons 250 personnes maximum à l’antenne parce que nous n’avons pas assez de préleveurs pour en tester plus.”

Malgré ça, les résultats sont reçus en six à douze heures, selon l’heure d’arrivée des patients. Ainsi, un patient arrivé entre huit heures et midi recevra son résultat à dix-sept heures alors qu’un patient arrivé dans l’après-midi le recevra le lendemain matin. Des délais plus que raisonnables quand on observe d’autres lieux de testing bruxellois où l’attente peut dépasser une semaine.

Mais ce chiffre risque d’augmenter avec l’arrivée de l’hiver, accompagnée de son lot de grippes saisonnières qui partagent bon nombre de symptômes avec le Covid-19. “En juillet, c’est-à-dire au creux de la vague, ça s’était calmé. On avait donc fermé l’antenne. Cinq jours plus tard, le fédéral, qui venait de faire passer un certain nombre de pays en zone rouge et orange nous a demandé de rouvrir au plus vite. À ce moment-là, nous étions aux alentours de 150 patients par jour. Là, on remonte, avec 50 à 60 patients en plus chaque jour à cause des histoires de zones rouges, de la rentrée et du retour au travail."

Une augmentation qui est confirmée dans les chiffres également. Le taux de positivité relevé à la mi-juillet aux cliniques Saint-Luc était de moins de 1%, c’est-à-dire que moins d’une personne sur cent était positive. Aujourd’hui, il est passé à 5%. “On n’est pas aux 8% de certaines communes bruxelloises, mais ça a quand même augmenté”, explique Anne-Sophie Marsin.

La conversation est interrompue quand une dame âgée d’une cinquantaine d’années pénètre dans le container : “Non ce n’est pas la première fois. Je suis venue la semaine dernière, j’étais positive. Je viens refaire le test. Vous comprenez, je dois retourner travailler […]”

Il est 10h30. Le ciel dégagé laisse poindre un soleil radieux qui aveugle les quelque personnes à l’extérieur du container. Valérie Vandenschrik, chargée de la logistique de l’antenne Covid depuis son ouverture, apparaît tout sourire. “Je vous fais le tour du propriétaire ?”, plaisante-t-elle. Les containers emboîtés sont bien plus spacieux qu’ils ne laissent deviner.

Les trois premiers locaux font office d’accueil administratif et permettent de vérifier les justificatifs des patients pour les encoder. Suivent deux salles d’attente puis trois cabines de testing, aspergées de désinfectant dès que le patient quitte les lieux.

Trois tests sont donc réalisés en même temps, toutes les dix minutes. Un rythme effréné qui en épuiserait plus d’un. “Je ne suis pas censée être là. Mon travail est ailleurs. Mais entre les cas qui augmentent toutes les semaines, les recommandations qui changent tous les trois jours et les intérimaires fournis par la région qu’on forme au prélèvement à chaque fois, je finis quand même par passer mes journées ici”, explique Mme Vandenschrik.

Normalement, l’antenne devait rester ouverte jusqu’au 17 septembre, moment où les “villages de testing” de la région allaient prendre le relais. L’équipe de Saint-Luc avait quand même prévu de maintenir l’ouverture jusqu’au dernier jour de septembre, au cas où. “Heureusement qu’on est prévoyants parce qu’on est fin septembre, et les centres de testing de la région ne sont pas du tout opérationnels”, ironise-t-elle.

66 personnes sont déjà venues se faire tester et on en attend encore plus que le double. Les intérimaires s’activent pour accueillir les patients au plus vite. Leurs gestes sont réglés comme du papier à musique. 

La tour des laboratoires

Au-delà des Urgences et de l’antenne Covid, de l’autre côté du bâtiment principal des cliniques, se hisse la tour des laboratoires. 12 000 m2 de technologie, qui se transforment vite en un labyrinthe pour les moins aguerris, et qui ont permis à Saint-Luc d’absorber le choc de la pandémie. Le professeur Benoît Kabamba, du service de microbiologie, connaît les lieux comme sa poche. Le traitement des prélèvements Covid a envahi trois étages des laboratoires, mais le système est bien rodé. 

Le hub de réception

Les tubes pneumatiques soudés aux bureaux des scientifiques rappellent des scènes d’antan. Les échantillons y arrivent en marquant un bruit atypique et régulier. Aussitôt atterris, aussitôt scannés, encodés, puis mis dans un bac à destination des labos de biologie moléculaire où sont analysés les tests PCR.

Ce centre de réception permet de faire un tri primordial entre les tests urgents, à envoyer au laboratoire Covid express et les quelque 400 tests quotidiens, à envoyer au laboratoire de microbiologie. Là, il faut distinguer les prélèvements effectués à l’antenne, de ceux effectués aux Urgences, mais surtout de ceux arrivés d’autres endroits. “Les nôtres sont dans des doubles emballages, selon les recommandations de Sciensano”, explique le professeur en brandissant un test tout frais. D’autres bacs laissent deviner des tubes à essai de toutes les couleurs, remplis de sang.

Pas le temps de traîner, une scientifique se précipite sur la boîte remplie lisant “prélèvements Covid-19 : à envoyer au plus vite” pour la mettre sur le tapis roulant qui l’achemine aux laboratoires. Derrière, une enfilade de machines bleuâtres sous de larges tuyaux d’évacuation opèrent toutes seules.

Ce sont les machines de sérologie, qui relèvent les anticorps dans le sang. “Ces machines permettent de faire beaucoup de choses, mais désormais une ligne est réservée pour les tests de sérologie spécifiques au Covid. Par jour, on en reçoit autour d’une centaine. Ça a beaucoup augmenté comparé à avant où nous avions presque exclusivement des tests PCR pour dépister le Covid”. 

Le laboratoire Covid express

Ici sont traités les cas les plus urgents, ceux où le médecin a besoin de résultats rapides. “Une femme qui va accoucher, quelqu’un qui doit subir une intervention, un patient en soins intensifs… Ça vient vraiment de partout”, indique Benoît Kabamba. Certains cas arrivant de la cellule de testing ou envoyés par les généralistes environnants peuvent aussi bénéficier de ce traitement accéléré. 

Ce qui permet cette analyse express, c’est la machine GeneXpert. Une fois le tube arrivé du hub de réception, il est identifié puis encodé. Ensuite, pour manipuler l’échantillon, c’est un peu plus compliqué. “La particularité du Covid, c’est qu’on doit ouvrir sous hotte. Ce n’est pas le cas du virus de la grippe par exemple”, explique le professeur. Le prélèvement est ensuite inséré dans une des cartouches de la machine, et en 50 minutes les résultats sont déjà là. 

Un bijou de technologie qui a malgré tout quelques défauts. La machine ne dispose que de huit positions. On ne peut donc tester que huit prélèvements en même temps. De plus, il faut manipuler correctement l’échantillon puis charger chaque cartouche manuellement, ce qui est extrêmement chronophage. Sans compter la rareté des cartouches qui ne peuvent être commandées que bien à l’avance et en petit nombre. Tout cela empêche un traitement express à grande échelle. 

Le grand laboratoire

Au grand laboratoire de microbiologie, le rythme ne faiblit pas. C’est ici que l’on reçoit les 200 à 250 tests de l’antenne Covid, en plus des 200 autres tests arrivant d’un peu partout. Pas question de tâtonner, tout le monde sait ce qu’il doit faire. Le docteur Cindy Barbée, responsable du plateau technique, veille au grain. À l’entrée, les échantillons arrivés là aussi du précieux hub de réception sont récupérés, étiquetés, puis inactivés sous hotte biologique : c’est l’étape pré-analytique. 

Arrive ensuite l’étape analytique. On insère le prélèvement inactivé dans un kit puis dans une machine. Les kits sont spécifiques à chaque machine. À Saint-Luc, il y en a trois qui permettent d’étudier les prélèvements. La m2000, la Panther et l’Alinity. La première est qualifiée de “batch” parce qu’une fois qu’on charge les 92 échantillons qu’elle autorise, on ne peut plus l’ouvrir. Il faut attendre six heures qu’elle finisse son traitement. Elle s’est ainsi avérée très peu pratique pendant la crise du Covid où les prélèvements arrivaient par vague et devaient être traités urgemment. 

Les deux autres machines sont, elles, qualifiées de “random access”. C’est-à-dire qu’il n’est pas nécessaire d’attendre qu’elles finissent l’analyse des échantillons déjà introduits pour en insérer d’autres. Elles permettent le traitement en à peine trois heures de 300 tests en continu. “On met l’échantillon et ça analyse dans la foulée. C’est super pratique”, s’enthousiasme le Dr Barbée, qui se tient fièrement devant la machine. Elle explique qu’il est également possible d’y faire des analyses combinées Covid-grippe, qui s’avéreront précieuses pendant l’hiver. 

L’Alinity a été très opportune. Achetée en février pour faciliter les analyses habituelles du laboratoire, elle a permis d’absorber le choc de la pandémie qui s’est déclarée à peine quelques semaines plus tard. La Panther a quant a elle été mise à disposition par la société Hologic dès le début du Covid. “C’est celle qu’on utilise actuellement parce qu’on a les kits nécessaires. Le facteur limitant pour ces machines, c’est le nombre de kits qu’on reçoit. Au début, nous n’utilisions même pas les ‘random access’. Nous devions jongler entre les ‘batchs’ et attendre six heures, à cause des kits manquants”, explique la responsable.

De même pour les réactifs qui permettent de mettre en évidence la présence du virus. “Il y a eu un vrai problème de pénurie pendant la crise. À un moment donné, on se battait avec les fournisseurs pour en avoir assez pour faire les tests. Dès qu’une société ne nous livrait pas et qu’on avait un problème de stock, on rebasculait sur un autre réactif pour ne pas être complètement à l’arrêt. Parfois, sur une même journée, les technologues changeaient trois fois de réactif. Mentalement, c’est très compliqué, parce que les techniques sont complètement différentes, ce qui augmente le risque d’erreur."

Depuis deux semaines, le nombre de tests traités par Saint-Luc est en constante augmentation. Tout afflue plus qu’avant. Le laboratoire fournit malgré tout les résultats des tests PCR en cinq heures, en travaillant de sept heures du matin à 21 heures, week-end compris. Des horaires d’autant plus épuisants qu’il n’y a pas assez d’effectif pour permettre aux techniciens de travailler en shifts.

“Avant, les laboratoires étaient ouverts de sept à dix-huit heures et on ne travaillait pas le week-end. Heureusement, pendant la première vague, on a eu une quinzaine de volontaires d’autres labos de la Tour. Le nombre de consultations avait diminué à l’hôpital, il y avait donc moins d’échantillons à traiter. Maintenant, l’hôpital refonctionne quasi normalement. Or le plateau emploie au total 50 personnes. Je ne peux donc pas retirer quinze personnes tous les jours pour travailler sur le Covid. Ça poserait problème pour les autres analyses, qui sont parfois très urgentes aussi. Ce n’est pas parce qu’il y a le Covid que d’autres pathologies cessent d’exister”, insiste le docteur. 

L’équipe est très angoissée à l’idée de manquer de personnel dans les mois à venir. Le laboratoire, de par sa taille et son importance, avait déjà un rythme soutenu avant l’apparition du virus. La charge de travail très lourde du Covid, couplée à son urgence, s’est simplement juxtaposée à la charge habituelle. Et elle est en constante augmentation.

“Tout le monde est à bout. Il y en a qui ne veulent même plus travailler sur le Covid tellement ils n’en peuvent plus. Une cellule de soutien a d’ailleurs été mise en place pour le personnel”, intervient le professeur Kabamba. 

Selon le docteur Cindy Barbée, la solution serait d’avoir au moins deux personnes supplémentaires, idéalement quatre, pour pouvoir travailler par roulement et laisser les scientifiques se reposer. Depuis le début de la pandémie, les technologues sont extrêmement dévoués. “Même s’ils n’ont pas le temps de récupérer, ils reviennent quand même travailler. Ce qui n’est physiquement pas tenable longtemps”, admet-elle.

L’équipe a de plus eu la chance inouïe de n’avoir aucun membre malade jusqu’ici. “Si quelqu’un attrape quelque chose, ce qui est très probable avec l’hiver qui arrive, ça va être compliqué de tenir le rythme”. 

Le laboratoire prépare d’ailleurs déjà la saison. Les technologues sont en pleine discussion avec les pédiatres et les infectiologues pour décider des réactifs à commander. Si ces derniers prescrivent des tests couplant Covid et grippe, les laboratoires ont tout intérêt à avoir sous la main des réactifs combinés pour gagner du temps.

“On doit savoir à l’avance quels réactifs commander pour organiser la mise en place de ces tests à grande échelle qui sont essentiellement inédits pour tout le monde”, explique Benoit Kabamba. Dans tous les cas, deux mois de réactifs à la grippe et au Covid sont d’ores et déjà disponibles dans les laboratoires de Saint-Luc pour parer à une nouvelle rupture de stock.

Au niveau du personnel, c’est plus difficile de prévoir. “On fera au mieux”, lance Cindy Barbée en souriant, avant de poursuivre. “La période où on tâtonnait un peu est passée. C’était le plus dur. Maintenant, c’est la deuxième vague qui est source d’angoisse. Ce sera la première fois qu’on aura le Covid en hiver, couplé aux autres syndromes respiratoires saisonniers. Personne n’a la moindre idée de ce que ça va donner. Si la grippe et le VRS (virus respiratoire syncytial responsable de la grippe chez le nourrisson) arrivent en même temps, on peut très vite se retrouver dans un nouveau scénario catastrophe.”